Nombre del programa	Distribuidor	Plataforma de uso	Funciones del programa
ACD/ChemSketch	Advanced Chemistry Development, Inc.		Visualize a chemically intelligent drawing interface that provides a portal to an entire range of analytical tools, and facilitates the transformation of structural or analytical data into professional, easy-to-decipher reports or presentations.
Acrobat Reader	Adobe	Windows 3.1,95, NT, Mac, LINUX, AIX, SolarisOS, SolarisSun, Digital Unix	Visualización de graficas
Amoeba	DigitalSpace Corporation		Amoeba es un software de simulación que diseña sistemas de investigación Nanotecnológica Molecular
ChemSymphony	Cherwell Scientific	Java	ChemSymphony es una plataforma independiente que interactua con applets de Java permitiendo hacer estructuras de moléculas en 3-D e incorporarlas a documentos HTML.
Chime	University of Massachusetts, Amherst	Windows, Mac, SGI	Shows molecular structure in three dimensions. Its images look like RasMol's because Chime is derived, in part, from RasMol. It sits directly on a web page (runs inside your browser as a plug-in).
Chimera	UCSF	FreeBSD, mac OSX, HPTRU64, SGI IRIX, Linux 64, Linux, winwods	UCSF Chimera is a highly extensible program for interactive visualization and analysis of molecular structures and related data, including density maps, supramolecular assemblies, sequence alignments, docking results, trajectories, and conformational ensembles. High-quality images and animations can be generated.
ChemSite 3D Molecular Visualization Software	chemistry-software		ChemSite is a three-dimensional molecular modeling program for drawing, displaying, and simulating the dynamic behavior of organic and biological molecules. Draw in 2D, let chemsite convert to 3D. Display as ball and stick, space filling sphere. Build proteins and DNA easily.
Cn3D 3-D	NCBI Structure	Windows, Mac, linux	Visualizador de 3D de NCBI
Eadfrith	Cambridge University, UK	SGI	Visualización molecular
enCIFer	The Cambridge Crystallographic Data Centre	Windows 2000/XP , Linux, RedHat Enterprise 3.0,4.0, SUSE 9.0, 9.1 Mandrake 9.2, 10, 10.2 Debian 3.1, Silicon Graphics R5000 and above, IRIX  Sun SPARC, Solaris 8, 9, 10, MacOSX 10.3, 10.4	CIF checking, editing and visualisation software from the CCDC.
ExPASy	Geneva Univestiry Hospital and the University of Geneva	Windows 95, Windows NT, SUN, Mac	Este servidor esta dedicado para el análisis de proteínas y secuencias de ácidos nucleicos tal como en 2-D PAGE
gOpenMol sitio  gOpenMol	Leif Laaksonen, Finland	SGI, IBM, PC/Linux, Windows NT/95	Interfase gráfica para la serie de programas de química cuántica OpenMol
Grasp	Columbia University	SGI	Visualización y análisis moleculares. Util para superficies electrostáticas
HyperChem	Hypercube, Inc.	Windows	Visualización y manipulación de moléculas
Mage	Protein Science	DEC, ESV, SGI, LINUX, MAC, Windows	Modelador Molecular. Visualización interactiva: Kinemages (kinetic images)
Mol2Mol	Cherwell Scientific	Windows	Visualización de moléculas, convertidor de formatos
Molden	CAOS/CAMM Center, The Netherlands	UNIX	Gráficas de densidades electrónicas
Moldraw	University of Torino  Italia	PC	Visualización de moléculas y cristales
Molecule for Macintosch Version 1.3.5	Institute of Organic Chemistry University of Erlangen-Nuremberg	Macintosh	Es un programa para generar, editar y desplegar estructuras moleculares sobre un a computadora Apple Macintosh o una PC corriendo ARDI's Executor
MolMol	Institute for Molecular Biology and Biophysics, Zürich, Switzerland	Unix, Windows NT/95	Molecular graphics program for displaying, analyzing, and manipulating the three-dimensional structure of biological macromolecules, with special emphasis on the study of protein or DNA structures determined by NMR.
MolPOV Ver. 1.1 script	Departament of Chemistry, Univeristy of Florida	Windows 3.1 y 95	Es un programa de Visualización con la capacidad de convertir archivos de estructura atómica en formato Brookhaven databank
MolWin V. 2.0	Institut für Chemie. Technische Universität, Chemnitz-Zwickau	Windows	Gráficas moleculares. Acepta coordenadas cartesianas, salida de Gaussian, PDB
MOPLOT	University of Fribourg	DOS	Visualización de propiedades nodales y formas de orbitales
MovieMol	Uppsala University, Sweden, Dr. Lars Ojamäe	PC, IBM RS6000, SGI	Programa de visualización y animación de moléculas
OrbDraw	Serena Software	SGI	Visualización de orbitales moleculares de salidas de Mopac
pdb2pov v1.21	Ph. D. Erik G. Suchanek	Mac y cualquier Amiga	Es un programa de Visualización con la capacidad de convertir archivos de estructura atómica en formato Brookhaven databank a archivos POV-Ray V2.x
PovChem	University of Illinois at Urbana-Champaign	PC, Mac, SGI Irix 5.x, código fuente en C	Gráficas moleculares de alta calidad
Psi88	Yale University	Código fuente en fortran 77	Gráficas de densidades electrónicas
Pymol	DeLano	unix,linux,mac,windows
RasMol	University of Massachusetts	SGI, SUN, DEC, HP, IBM RS6000, Cray, Sequent, DEC Alpha, Windows, Windows NT, OS/2, Linux, Mac, X Windows	Gráficas moleculares para la visualización de proteínas, ácidos nucléicos y moléculas pequeñas
RasMol for NextStep	National Hellenic Research Foundation, Greece	NextStep 2.1	Gráficas moleculares para la visualización de proteínas, ácidos nucléicos y moléculas pequeñas
Raster3D	University of Washington	Código fuente con Makefiles para DEC, SGI, ESV, SUNOS, IBM, HP, linux	Gráficas moleculares para la visualización de proteínas, ácidos nucléicos y moléculas pequeñas
Re_View	Brunel University, Department of Chemistry, UK	Windows 3	Visor y analizador químico de 4D capaz de desplegado 3D, animación y análisis geométrico. Permite la manipulación de moléculas en 3D, la animación de rutas de reacción u otros tipos de datos de etapas múltiples (como datos conformacionales), y la animación de modos normales de vibración, entre otros.
RPluto	The Cambridge Crystallographic Data Centre	Windows 2000/XP , Linux, RedHat Enterprise 3.0,4.0, SUSE 9.0, 9.1 Mandrake 9.2, 10, 10.2 Debian 3.1, Silicon Graphics R5000 and above, IRIX  Sun SPARC, Solaris 8, 9, 10, MacOSX 10.3, 10.4	Graphical Display of Molecular and Crystal Structures
SWISS-Pdb Viewer	Glaxo CH	Mac, Windows95 y NT	Programa para visualizar estructuras del Protein Data Bank con POV
SymApps(KnowItAll)	bio-rad	Windows	Visualización tridimensional para impresión de presentaciones
Sybyl	Tripos	Linux, Iris,	expert molecular modeling environment provides the fundamental components for understanding molecular structure and properties with special focus on the creation of new chemical entities.
Tessel	Departamento de Química Física y Analítica, Universidad de Oviedo, España	fortran 77	Tessel2 is a 3D "compiler" to produce crystal and molecular models, parametric surfaces and several forms of sphere tesselations. Molecular models combine balls-and-sticks, arrows and coordination polyhedra representations of pure and defective crystals, finite molecules or clusters. The Madelung potential of an ionic system can be computed and depicted on an arbitrary plane or surface. The program produces output to be rendered with POV-Ray, Geomview or any Virtual Reality renderer.
Vibrate	Serena Software	SGI	Visualización de modos vibracionales normales para salidas de Mopac
ViewMol	Ohio Supercomputing center	Linux, aunque corre en IBM/AIX, SGI/IRIX, Digital/OSF1, HP/HP-UXSGI. Requiere OpenGL o su clona Mesa.	Programa para la visualización de salidas de programas de mecánica cuántica y mecánica molecular, como Gaussian 9x, Discover, DMol/DSolid, Gulp, Turbomole, y archivos PDB. Visualiza geometrías, vibraciones, trayectorias/optimizaciones con dinámica molecular, diagramas de niveles energéticos de OM, orbitales moleculares, densidad electrónica.
Visual Molecular Dynamics. VDM 1.2b1	Theoretical Biophysics Group	SGI, HP-UX9 y HP-UX10, Linux, posteriormente se podrá correr en windows 95 y NT	Es un programa que diseña moléculas para su visualización y análisis de sistemas biológicos como proteínas, ácidos nucleicos, capas bilipídicas.
WATH IF	The EMBL Sander Group	UNIX	Modelado macromolecular: análisis de estructura protéica que puede ser usado para predecir mutaciones, verificación de estructura, gráficas moleculares, etc.
WinMGM	Faculté des Sciences Agronomiques de Gembloux	Windows 3.1, 95/NT	Visualización, manipulación y análisis de biomoléculas